В конце XVIII века в Москве началась эпидемия чумы, которая быстро распространялась, унося ежедневно 500–800 жителей (тогда город насчитывал около 200 тысяч жителей и располагался в пределах Садового кольца). Умирали целыми семьями. Хоронить было некому и негде, поэтому трупы закапывали во дворах и садах — этим и можно объяснить быстроту распространения эпидемии, так как погостов, специальных мест захоронений не хватало. Начались волнения среди бедного люда.
1 ноября 1771 года по указу Екатерины II градоначальник П. Д. Еропкин распорядился о выделении мест для новых кладбищ за пределами города, то есть за валом, окружающим город по периметру, память о котором сохранилась в названиях: Сущевский вал, Земляной вал, Коровий вал и другие. За Мещанской слободой, основанной в 1673 году выходцами из белорусских городов («мещане» по-белорусски означает «горожане») и населенной ремесленниками, со стороны одного из участков Камер-Коллежского вала — Крестовской заставы — городская власть отвела участок земли, который позже получил название «Крестовское кладбище». Неподалеку проходила Троицкая дорога, идущая на север в сторону Троице-Сергиевой Лавры, основанной преподобным Сергием Радонежским.
Эта местность имела свою историю. В 1652 году за Москвой на Троицкой дороге возле села Напрудного (память от него в настоящее время осталась только в названии переулка, соединяющего улицы Гиляровского и Щепкина, — Напрудный) Алексей Михайлович с народом встречал мощи святителя Филиппа, митрополита Московского и Всея Руси, поставленные затем в Успенском Соборе Кремля. На месте же их встречи была установлена часовня с огромным дубовым крестом с надписью, сообщающей о событии, которое послужило причиной его установки; местность вокруг часовни получила название «У креста» и «Крестовская застава». Благочестивые богомольцы, отправлявшиеся в Троице-Сергиеву Лавру, служили в этой часовне молебны. Сам крест стоял при дороге до 1929 года и в этот же год был перенесен в ближайшую церковь Знамения в Переяславской слободе, где находится и поныне, а старое название местности сохранилось в названиях Крестовского переулка и Крестовского моста.
В следующем 1772 году, 25 декабря по старому стилю, в день Рождества Христова на Крестовском кладбище была поставлена деревянная церковь, освященная именем преподобной Параскевы Сербской (Параскева-Петка, что по-русски означает «пятница»), впоследствии кладбище стало именоваться Пятницким. В 1778 году во время летней грозы церковь сильно пострадала: снесло всю крышу и была повреждена колокольня. Общими усилиями священника и прихожан церковь отремонтировали, однако в скором времени из-за мизерных пожертвований от бедного люда и малой посещаемости она пришла в упадок.
В 1827 году стараниями настоятеля о. Симеона удалось получить разрешение Духовной консистории на установление кружки для сбора пожертвований от паломников, идущих в Троице-Сергиеву Лавру, на строительство новой каменной церкви вместо деревянной, для чего была даже построена часовня на Троицкой дороге, куда перенесли иконы из старой церкви. Строительство шло медленно по той же причине — нехватки средств.
По общим молитвам Господь не оставил свою паству без попечения, и в сентябре 1828 года купец Свешников передал по завещанию свое имение и деньги (на помин души) на постройку нового каменного храма и двух домов.
При составлении плана строительства храма выяснилось, что для его осуществления не хватало земли, ранее выделенной кладбищу городской властью. Нашелся другой доброхот — даритель граф Дмитрий Шереметьев, отдавший часть своей земли под строительство храма.
Лучшие архитекторы города — А. В. Балашов и Ф. М. Шестаков — стали проектировщиками фасада храма. Существует мнение, что автором проекта здания храма был А. Г. Григорьев, однако это не подтверждается архивными данными.
В архитектуре Москвы тех времен преобладал так называемый русский классицизм (ампир), как отклик воспоминаний о недавней победе России над Наполеоном в 1812 году. Этот стиль отличается монументальностью форм с непременным возведением колонн по фасаду, украшенному элементами военной атрибутики, что придавало зданию величественность и вызывало в душе людей чувство умиротворения. Все это нашло отражение в построении храма, строительство которого началось в 1830 году.
Митрополит Московский и Коломенский Филарет (Дроздов), крупный государственный и церковный деятель того времени, не только поддержал ходатайство о сооружении храма, но принимал горячее участие в ходе его осуществления.
Во время строительства происходило освящение храма: в 1831 году освящен придел преподобной Параскевы Сербской, в следующем году придел преподобного Сергия Радонежского, а также трапезная четырехстольная, колокольня со шпилем и новые иконостасы. Однако построенный главный храм не отапливался и считался летним, между тем как ранее построенные приделы были утеплены.
Священник Иоанн Фаворский, состоящий в родстве с митрополитом Филаретом, обратился к нему с ходатайством о перестройке двух ранее построенных приделов с целью их расширения, о подсоединении летнего храма к уже имеющейся калориферной системе отопления и об обновлении ветхих иконостасов. Такое прошение было удовлетворено Его Высокопреосвященством митрополитом Филаретом, что явилось важным фактором того времени, так как уже существовал запрет на какие-либо изменения в новых храмах.
В течение 1861–1862 годов алтари указанных приделов были расширены и украшены на средства дарителя, купца Андреева, а летние и зимние части храма объединены единой калориферной системой, существующей и поныне. После всех перестроек храм внешне приобрел очертание креста: впереди — главный алтарь, выходящий на восток, приделы Параскевы Сербской и Сергия Радонежского. С западной стороны находится вход с крыльцом, украшенным литыми чугунными колоннами и наверху иконой Святой Троицы.
Согласно завещанию купца Свешникова, кроме храма были построены два дома: с западной стороны и по центральной оси, один под притч, другой под богадельню; оба дома окружены оградой, в середине которой, стояли красивые ворота. Все это соответствовало архитектурному стилю храма и создавало единый ансамбль. В последующие годы ограда с воротами была разобрана, и это нарушило целостность восприятия всего ансамбля вокруг храма. К сожалению, в XX веке вся эта архитектурная гармония подверглась еще большему искажению современными постройками как вокруг, так и на территории храма.
В недавнем прошлом, на многих кладбищах располагались часовни с целевым назначением для каждого случая: отпевания покойников, заказных молитв, треб, панихид. На Пятницком кладбище в 1830 году была построена часовня на месте первой деревянной церкви времен чумного бунта. К началу ХХ века она пришла в упадок.
Один из боголюбивых прихожан С. С. Зайцев предложил (7 сентября 1915 года) свои средства на сооружение новой каменной часовни, чтобы в последующем она стала усыпальницей рода Зайцевых. По прошению притча и старосты храма было получено разрешение на установление в часовне престола в честь священномученика Симеона, епископа Персидского, небесного покровителя дарителя Зайцева.
Архитектор Н. Н. Благовещенский в апреле 1915 года составил план новой часовни, представляющей собой квадрат, увенчанный куполом. Началось строительство храма-часовни, и к осени того же года оно было закончено. В северо-западной части ее находилась звонница, увенчанная куполом, нижняя часть отводилась под усыпальницу рода Зайцевых. В верхней части часовни располагались иконостас и места для певчих. Храм был освящён в 1917 году. После революции он был закрыт, кресты сняты, а помещение использовалось для жилья, а затем для производственных нужд, под склады кладбищенского инвентаря. Внутреннее убранство, а также надгробия захоронений рода Зайцевых не сохранились. Лишь в 1978–1980 годах часовню вернули церковной общине. Восстановление храма началось только в 1990 году, тогда кресты были водружены вновь. Были проведены реставрационные работы, в результате которых внешний вид максимально приблизился к первоначальному варианту. Обновлённая часовня на Пятницком кладбище была освящена Патриархом Алексием II 27 октября 2000 года.